与国家行政管理体制改革相适应，官员服务法规等也进行了改革，开始形成具有德国特色的职业官员制度，主要包括不能中止聘用和给予生活物质保障等内容。通常情况下，高层官员必须具有法学或财政学专业背景，要通过分级考试并遵守法纪。巴伐利亚颁布的“1805年官员服务条例”（Dienstpragmatik von1805）对官员的权利和纪律做了明确规定，可视为莱茵邦联其他成员的榜样。政府与君主的关系也出现了明显改变。传统的不负责任的王家顾问减少，具有明确责任的大臣组成的政府与君主之间的合作变得日益重要。除了仍在实行专制统治的符滕堡外，法律和规章的颁布须经大臣副署成为一种常态。
司法制度改革是莱茵邦联改革运动的一个亮点，但各成员邦改革力度不一。威斯特伐利亚和贝格等“示范邦国”改革力度最大，它们不仅全面引入了拿破仑法典，而且取消了封建的领地裁判法庭。巴登和法兰克福则在拿破仑法典的基础上推出了较温和的文本。在巴伐利亚，由于贵族抵制等因素，没有能够引入拿破仑法典，而只是对刑法进行了改革。但凡引入拿破仑法典的邦国，封建等级特权被取消，取而代之的是资产阶级的财产和平等权利。符滕堡和巴登分别于1809年和1811年废除了领地裁判法庭，巴伐利亚则加强了对这类法庭的国家控制。南德诸邦还试图取消贵族的免税特权、兵役豁免权和对教会及学校的监督权，并且取得了一些成就。此外，修道院也失去了裁判权、庇护权和领地。